Screening and targeted sequencing of stool for microbiologic confirmation and drug resistance determination in paucibacillary tuberculosis

«Скрининг и целенаправленное секвенирование образцов стула для микробиологического подтверждения и определения лекарственной устойчивости при олигобациллярном туберкулезе»

КРАТКОЕ СОДЕРЖАНИЕ:

В 2023 году, по различным оценкам, число заболевших туберкулезом составило 10,8 миллиона человек, и 1,25 миллиона человек умерли от этого заболевания. При этом 161 000 смертей зарегистрировано среди людей с ВИЧ (ЛЖВ) — для этой группы населения туберкулез остается основной причиной смерти. Выявление лекарственной устойчивости Mycobacterium tuberculosis остается сложной задачей среди пациентов с олигобациллярным туберкулезом; поскольку бактериальная нагрузка в их мокроте настолько низка, что ее невозможно обнаружить с помощью микроскопии; бактерий недостаточно и для других анализов мокроты, которые могли бы обеспечить тестирование на резистентность.

В амбулаторной клинике в Эсватини в период с 2020 по 2023 годы были собраны образцы стула и мокроты у части детей, подростков и взрослых, которые были включены в исследование по диагностике туберкулеза. В дополнение к стандартным диагностическим тестам, доступным в стране (прямой тест Xpert на мокроту, тест Xpert на стул и фенотипическое тестирование чувствительности к лекарственным препаратам по результатам посева мокроты), образцы стула подвергались экстракции и секвенированию с использованием целевого секвенирования следующего поколения (tNGS) с применением как набора Oxford Nanopore Technologies (ONT) TB Custom Kit (на ONT MinION Mk1b), так и набора Deeplex Myc-TB kit (на Illumina iSeq 100). Из 250 участников с легочным туберкулезом, диагностированным в Эсватини в период данного исследования, у 85 (34%) участников микроскопическое исследование мокроты показало отрицательный результат.

Из числа обследованных у 21/85 (24,7%) участников было обнаружено достаточное количество ДНК M. tuberculosis, выделенной из кала, для проведения tNGS. Целенаправленное секвенирование кала выявило ДНК M. tuberculosis у 14-19% пациентов (n = 12/85-16/85) и предоставило полную картину мутаций, связанных с лекарственной устойчивостью, у 12-14% (n = 10/85-12/85) пациентов с олигобациллярным туберкулезом (с отрицательным результатом мазка). Это расширило возможности выявления лекарственной устойчивости по сравнению с другими методами. Целенаправленное секвенирование кала, даже при применении в отношении пациентов с олигобациллярным заболеванием, может обеспечить подтверждение случая и расширенную информацию о лекарственной устойчивости.

Неофициальный перевод: АНО «Здоровье.ру» 2026.

Смотреть полный текст статьи в оригинале на сайте публикатора (на англ. языке).

Полные данные (заголовок, авторы, дата и источник публикации):